Luonnonperintösäätiön ensimmäinen alue, Akanvaara, ostettiin vuonna 2000, ja sen jälkeen uusia metsiä on saatu rauhoituksen piiriin useita vuodessa. Osa suojelualueista on muodostunut monen eri kaupan kautta, ja näin on saatu kasvatettua yhtenäistä koskemattoman metsän pinta-alaa. Monelle uhanalaiselle lajille tämä on elintärkeää.
Säätiö ostaa metsät maapohjineen, ja alueille haetaan luonnonsuojelulain mukainen pysyvä rauhoitus. Alueilla on pääsääntöisesti sallittu jokamiehenoikeuksista vain marjastus ja sienestys; kajoaminen kasvillisuuteen, eläimiin ja niiden pesiin on kielletty samoin kuin esimerkiksi liikkuminen moottoriajoneuvoilla. Joskus suojelupäätökseen on jätetty mahdollisuus tehdä hoitotoimenpiteitä, esimerkiksi rakentaa ojia tukkivia patoja alueen luonnontilan palauttamiseksi.
Luonnonperintösäätiön takana suojelualueet ovat kaksinkertaisessa turvassa - niiden suojana on luonnonsuojelulain lisäksi säätiölaki. Patentti- ja rekisterihallitus valvoo säätiöiden toimintaa ja sääntöjen toteutumista, ja säätiön hallitus vastaa omalta osaltaan tarkoituspykälän toteutumisesta. Suojelualueittemme pysyvyyteen voi siis luottaa, jopa suuremmassa määrin kuin valtion lunastamien alueiden kohdalla - poliittiset konjunktuurit tai muuttuvat taloudelliset intressit eivät pääse vaikuttamaan säätiön alueisiin.
Suojelualueet esitellään vasemmalla aakkosjärjestyksessä. Jokainen suojelualue on kymmenien, jopa satojen yksityisten lahjoittajien ansiota - ilman lahjoittajien apua nämä arvokkaat luonnonalueet eivät olisi säästyneet.